Konfederace nezávislých systémů (CIS)

Vůdce: hrabě Dooku, poté generál Grievous
Centrum: Geonosis, poté Raxus

Členy CIS byly tyto megakorporace a rasy:

Obchodní federace
Trade Federation Droid Army – Ozbrojené síly Obchodní federace.

Techno unie
Techno Union Droid Army – Ozbrojené síly Techno unie.

Komerční gilda
Commerce Guild Punitive Security Forces – Ozbrojené síly Komerční gildy.

InterGalaktický bankovní klan
Collections and Security Division – Ozbrojené síly InterGalaktického bankovního klanu. Část z nich je tvořena armádou droidů a část jednotkami Iotran Guard.

Korporační aliance
Corporate Alliance Policy Administration Directorate – Ozbrojené síly Korporační aliance.

Hyperkomunikační kartel

Jabiimští nacionalisté – Frakce lidí z planety Jabiim.
Nationalist Army – Ozbrojené síly Jabiimských nacionalistů. Elitními vojáky pro zvláštní operace jsou Nimbus Commando.

Neimoidiané – Humanoidní rasa, která ovládá Obchodní federaci.
Neimoidian Home Defense Legion – Neimoidianské ozbrojené síly.

Geonosiané – Hmyzí rasa z planety Geonosis.
Geonosian Hive Army – Geonosianské ozbrojené síly.

Umbarané – Humanoidní rasa z planety Umbara.
Umbaran Militia – Umbaranské ozbrojené síly.

Ozbrojené síly CIS se skládají z ozbrojených sil členských megakorporací a ras. Jedná se většinou o droidy, ale lze tam najít i živé bytosti.

Separatist Droid Army – Pozemní armáda. Největší armáda bitevních droidů v dějinách galaxie. Na začátku Klonových válek měla proti Klonové armádě Galaktické republiky stonásobnou přesilu.

Separatist Navy – Vesmírné námořnictvo. Zahrnuje i letecké síly. Známé také jako Confederate Navy.